As pragas mais comuns são:
Bicho mineiro, tríplice, lagartas, pulgões, mosca branca, coleópteros (vaquinhas), lagarta-rosca, mosca minadora e nematoides.
A Cooperbatata possui um laboratório de análises de virose em batata semente, devidamente capacitado a atender as necessidades dos produtores (solo, folha, nematoides, germinação, vigor, fungos, bactérias e análise de autenticidade), mantendo as melhores parcerias com instituições qualificadas nos padrões de qualidade, trazendo tranquilidade quanto à qualidade e sanidade das sementes no campo e pensando nas demais culturas.